上海某国有集团（以下简称“A集团”）在10多年前组建一个专业技能要求较高的专业子公司（以下简称“B公司”）。A集团管理层响应当时政策导向，在B公司设置一定比例的员工持股，让其经营层和技术骨干持有少量B公司股份，将这些骨干员工的利益与B公司利益捆绑，以激发其积极性，并争取将B公司打造上市，谋求更大发展。
由于当时员工持股架构设计得不合理，B公司在10多年的经营过程中产生很多员工持股的遗留问题需要整改，在最新的大环境下，员工持股最初设想未能全部实现。
一、遗留问题形成背景及相关情况
B公司成立时，根据出资比例A集团持股80%，骨干员工持股20%。但这些员工持股并未按合理的股权操作通过组建一个员工持股公司持有，而是由骨干员工直接持有B公司股份，由此给员工持股的灵活调整带来很大困难。
在B公司10多年的经营过程中，难免有持有B公司股权的骨干员工离职，也有新的应给予股权激励的新骨干员工加入。如果有一个员工持股公司，相关的股权调整就会较为简便，对B公司甚至A集团都不会产生影响。实务中由于未组建员工持股公司，而是由受激励员工直接持有B公司股权，A集团为了防止国有资产流失，制定了相应的股权运作机制，由此产生较大不规范。
当有股东员工离职，B公司的总经理受让离职股东的全部股权并办理工商变更，离职股东退出，但股权款项由A集团向退出员工股东支付并挂账其他应收款。以后新的合适骨干员工入股时，由B公司总经理将其从离职股东处取得的部分股权出售给骨干员工并办理工商变更，但股权款项由新员工股东直接向A集团支付，A集团冲减其他应收款。这些股权的转让价格均参照转让行为发生当时的B公司账面股权价值确定。
很明显，上述股权转让行为导致B公司部分股权的工商登记股东与实际出资股东不一致。截至目前，B公司共发生九次股权转让操作，从退出员工股东处收购且未授予新的骨干员工的激励股权累计近10%，名义上全部由总经理持有。而A集团是实际出资股东，还收取了后续相应的分红款，并就此为工商登记的名义股东——B公司总经理代扣代缴了个人所得税，税后分红还计入A集团的利润缴纳企业所得税。虽然不但不存在逃税风险，还实际多缴了税款，但终究不合规，近期被国资委要求对上述合规性瑕疵导致的特殊股权事项进行整改，并上报B公司员工持股调整方案。
二、特殊股权合规性整改思路
A集团聘请的律师事务所就这部分特殊股权认定为B公司历史形成的、为奖励给公司员工以其自有现金认购而预留的股权，只是因尚未确定授予对象从而根据公司章程和有效决议由时任总经理代为持有。因此，可以有两种整改思路：一种是按相关方的真实意思合规化整改；另一种种是按现有实际资金往来规范实际股权持有情况。
（一）不忘初心方案
补上前期缺失的操作，即由B公司现有员工股东以其持有的B公司股权作为出资组建成立员工持股公司，由员工持股公司持有B公司的股权；同时通过法律文件约定时任总经理所持有的B公司特殊股权，专用于适格员工的激励，未来必须无条件转让出去。B公司总经理归还A集团垫付股权转让金所形成的其他应收款余额。
优点：
1、由于不涉及国资，不需要经过资产评估及国资审批程序，相对简单，整改时间较短。
2、这是按常规的职工持股惯例操作，基本上没有后遗症，A集团账务处理不规范问题也得到解决。
3、达成最初股权设计的目标，最大限度保留对骨干员工的激励灵活性和潜力，达成促进B公司长远发展的效果。
不足：
根据财税 [2015]41号文关于个人非货币性资产对外投资的相关规定，当员工持股公司成立时，出资的员工股东需要确认相应的非货币性资产转让收入即出资作价。由于B公司效益较好、股东权益持续增长，出资作价相对于原始出资成本有增值，增值部分需缴纳20%的个人所得税。
（二）确认现实方案
通过股东会决议、签署股权转让协议等法律程序，B公司总经理将特殊股权转让给A集团。
不足：
1、B公司总经理在股权转让中也可能产生增值收益，应缴纳的个人所得税应由A集团承担，账务处理较为棘手，且还需要按国资公司管理要求调整A集团的年度预算。
2、若今后B公司出现适格员工需要股权激励，就需要A集团在上海联合产权交易所挂牌转让部分股权，资产评估后一系列上报审批手续比较繁琐，对骨干员工的激励灵活性和潜力大大受限。
三、分析
虽然上述两方案都可以达到B公司的工商登记股东与实际出资股东一致的整改目标，但显然操作路径相反，优劣也很明显。虽然不忘初心方案会对现有员工股东产生一定税负，同样根据财税 [2015]41号文，出资的员工股东可自行合理制定分缴税计划并于取得被投资企业股权之日的 次月15号前到主管税务机关办理相关备案手续，可在5年期限内分期缴纳税款。注意这不是指5年内每年平均缴纳税款，而是可以自己安排5年内缴足税款即可。所以相关税务影响也并不大。
由于新的政策导向和国资管理的变化，最终A集团采纳确认现实方案。所以股权结构的设计很重要，有些事一旦做错想改都改不回。
